Свято-Покровский женский ставропигиальный монастырь, четвертый женский монастырь в столице, был одним из последних монастырей Москвы, основанных до принятия указа Екатерины II о передаче церковных имуществ в государственную собственность. После этого указа число монастырей резко сократилось, а создание новых на многие годы стало невозможным.
Основанием монастыря считается 1635 год, когда для его строительства царем Михаилом Федоровичем грамотой была пожертвована земля. Однако только через двадцать лет по указу царя Алексея Михайловича на его средства монастырь был построен и снабжен церковной утварью и всем необходимым. Монастырь был возведен вчесть Покрова Божией Матери, что связано прежде всего с памятью о преставлении отца царя Михаила Федоровича и деда царя Алексея Михайловича, Патриарха Филарета, скончавшегося в праздник Покрова. Название монастыря также тесно связано с особенностями местности, в которой он был расположен. В самом начале XVII века здесь, на пустом поле, среди рощей и садов за Покровскими воротами, было кладбище для нищих и бездомных, которых сюда свозили со всех окрестностей Москвы. Они получали свое последнее пристанище в «скудельницах», то есть «землях крови».
Хозяйство монастыря было небольшое, и доходов, получаемых с часовен, кладбища и прилегавших к нему земельных угодий, было недостаточно для того, чтобы поддерживать в нормальном состоянии здания храмов и другие постройки. На территории монастыря находились ряд построек общей площадью более 7,8 тыс. кв. метров. Поэтому в 1783 г. в результате обветшания ограду монастыря, а затем и обе церкви пришлось разобрать. Во время наполеоновского нашествия еще совсем новый храм вместе со всей обителью подвергся разорению и поруганию. После революции Покровский монастырь закрыли. На долгие годы его постройки заняли разные организации, а на бывшей территории кладбища возвели танцплощадку. История храма изменила его внешний облик, главные постройки были разрушены и видоизменены до неузнаваемости.
В 1994 г. синодальным постановлением было принято решение о возобновлении Свято-Покровского монастыря. В 1996 году в восстановленном монастыре при большом стечении народа Святейший Патриарх Алексий II отслужил молебен на престольный праздник Покрова Пресвятой Богородицы, осмотрел территорию и принадлежащие монастырю здания и сооружения, включая Воскресенский храм, где в то время еще были спортивные залы. Это памятное событие стало знаменательной вехой на пути возрождения обители, так как арендаторы начали освобождать монастырские строения, а спортзалы прекратили свое существование уже через неделю. В память об этом событии по первосвятительскому благословению Свято-Покровский женский ставропигиальный монастырь получил в дар образ Владимирской Божией Матери.
Весной 1998 года в обитель были перенесены останки великой чудотворицы блаженной старицы Матроны Московской. О богоизбранности Матроны свидетельствовало то, что при крещении, когда священник, опустил дитя в купель, присутствующие увидели над младенцем столб благоухающего легкого дыма. Люди приходят поклонится мощам блаженной Матроны с обычными бедами: неизлечимая болезнь, пропажа, уход мужа из семьи, несчастная любовь, потеря работы, гонения со стороны начальства, с житейскими нуждами и вопросами: выходить ли замуж, менять ли место жительства или службы и проч. Матрона учила не осуждать ближних. Говорила: «Зачем осуждать других? Думай о себе почаще. Каждая овечка будет подвешена за свой хвостик. Что тебе до других хвостиков?»
С монастырем связана интересная традиция: у монахинь, сидящих на выходе из церкви с корзинами розовых лепестков, принято брать горстку этих лепестков и уносить домой на всяческие нужды — например, делать из них целебную настойку или хранить в ладанке.